Die Einheit wurde 1525 in Rottenburg gegründet, wo sie ihre Tätigkeit aufnahm. Nach der Eroberung der Umgebung von Rottenburg marschierte die Schwarze Bande nach Schwaben, wo sie zahlreiche Klöster und Burgen plünderte und so dem Schwäbischen Bund eine schwere Niederlage zufügte. Die Bauern metzelten brutal jeden nieder, der sich ihnen widersetzte: In Schwaben massakrierte eine von Jakob Rohrbach angeführte Bauerngruppe 50 Ritter, die mit ihnen gekämpft hatten. Geier wollte diese Gewalt nicht hinnehmen und zog seine Truppen nach Franken zurück, doch das Massaker von Rohrbach rief den Schwäbischen Bund auf den Plan: Der Trochse Georg von Wartburg machte Jagd auf alle Bauern der Schwarzen Bande und schlachtete sie erbarmungslos ab. Rohrbach selbst wurde später gefangen genommen und 1525 lebendig verbrannt.

Im Mai 1525, in der Schlacht bei Ingolstadt, wurden fast alle Bauerngruppen vom Schwäbischen Bund besiegt, und nur die "Schwarze Schar" blieb übrig. Die Bauern waren gezwungen, sich in die Ruinen der Ingolstädter Burg zurückzuziehen, die sie einige Monate vor der Schlacht niedergebrannt hatten. Die Stadt war umzingelt und hielt zwei Angriffen stand, doch beim dritten Versuch durchbrach das schwäbische Heer mit Hilfe der Artillerie eine Lücke in den Mauern und drang in die Stadt ein. Keiner der Verteidiger überlebte. Guyer war zu diesem Zeitpunkt nicht in der Stadt und wartete auf Verstärkung aus Rothenburg, kam aber zu spät an den Mauern an. Das Kommando hörte praktisch auf zu existieren. Guyer selbst starb in der Nacht vom 9. zum 10. Juni desselben Jahres in der Nähe von Rimpar, nachdem er von seinem Verwandten Wilhelm Grumbach überfallen worden war.