基本操作：方向键为移动，空格键为确认，enter键为进入主选单，ctrl键为取消。

其他操作有：
Alt+Enter 切换全屏/窗口
Ctrl+F5 游戏截图
Ctrl+F6 游戏录音
Ctrl+F7 降低跳桢数
Ctrl+F8 提高跳桢数
Ctrl+F9 强制退出DOSBOX
Ctrl+F10 显示/隐藏 系统鼠标
Ctrl+F11 降低“DOS模拟CPU”速度
Ctrl+F12 提高“DOS模拟CPU”速度

由于是DOSBOX游戏，因此轩辕剑贰无法使用鼠标操作。

轩辕剑贰的主选单分为四部分：【天书】【奇术】【物品】【状态】，角色头像旁的红条是生命，绿条是仙术，蓝条是体力。



【音乐】：开启/关闭音乐播放
【音效】：开启/关闭音效播放
【读取】：读取存档，一共有五个存档位置
【记录】：记录存档，部分迷宫地图不可用
【讯息速度】：调整对话速度，一为最快
【游戏速度】：调整行动速度，一为最快
【记载】：查看主线对话
【跳回DOS】：结束游戏


选定奇术选单后选择角色即可查看该角色所掌握的技能，角色名字下面的方框内显示的是该角色剩余的仙术或体力。

技能名右边的数值表示消耗的仙术或体力（如果是医术则为消耗的药材），选定一个技能后会出现【使用】【说明】【炼符】（仅限符咒）的选项。

【使用】：使用该技能，这会消耗该角色的仙术，体力或药材，红色标记的技能不能使用。
【说明】：查看该技能的详细介绍
【炼符】：仅符咒类技能可见，使用后物品栏增加一个该符，炼符不消耗炼符者的仙术，但使用符咒会消耗作用对象的仙术。（群体回复法术除外）


物品界面会显示携带的物品（最多50个），选定一个物品后会出现【使用/装备】【丢弃】【说明】【炼妖术】四个选项。

【使用/装备】：使用或装备这个物品，部分物品是无法使用的。
【丢弃】：丢弃这个物品。
【说明】：查看这个物品的详细介绍。
【炼妖壶】：初遇壶中仙剧情后新增，可以将两个物品融合成一个新的物品。（但可能出现融合出的物品与原来的一个物品相同的情况）


选定状态选单后选择角色即可查看角色状态，该选单内容较多。

【生命】：该角色当前的生命/该角色的生命上限
【体力】：该角色当前的体力/该角色的体力上限
【状态】：该角色当前的状态，分为“健康”（一般状态），“重伤”（生命低下），“濒死”（生命为零）与“中毒”（中毒状态）
【金钱】：队伍所有的金钱
【力量】：影响角色升级增加的攻击力
【智慧】：影响法术的伤害
【敏捷】：影响战斗中人物出手的先后顺序
【仙术】：该角色当前的仙术/该角色的仙术上限
【反应力】：影响角色攻击的命中率
【战斗力】：影响角色攻击的威力
【防御力】：影响角色受到攻击的伤害
【等级】：该角色当前的等级
【经验】：该角色当前的经验/该角色升级所需的经验
【装备】：角色装备的物品，分为“护头”“护甲”“武器”“鞋”“戒指”“护驾”“法宝”，其中“护驾”与“法宝”有两个装备栏。

在战斗中，指令会变为【攻击】【奇术】【物品】【行动】四项



攻击指令分为【攻击】与【集中】两类。
【攻击】：选择该指令并选择一个目标，该角色本回合攻击指定目标，当敌方只剩一人时无需选择目标。
【集中】：选择该指令并选择一个目标，从该角色的所有角色自本回合开始都会攻击指定目标，直到该目标阵亡。按ctrl键可以取消集中指令，当敌方只剩一人时无需选择目标。



在奇术指令内，你可以选择想要使用的奇术。
“符咒”“神通”消耗仙术，“技巧”消耗体力，“医术”消耗药材。
选定一个奇术后，若该奇术作用于群体，敌方只有一个目标或只能作用于自身，则无需选择目标。


在物品指令内，你可以选择想要使用的物品。
作用于我方的物品需要指定作用角色，作用于敌方的物品在目标只有一个时无需指定角色。若使用符咒，会消耗使用者仙术。
召唤类（护驾，媒介）物品也无需指定角色，但同种媒介只能召唤一次，场上最多出现两个护驾，召唤护驾需要消耗体力。


行动部分有三个指令：
【防御】：减少普通攻击造成的伤害，并能触发一些法宝的能力。
【逃跑】：一定几率逃离战斗，一旦使用该指令，我方全员都会尝试逃跑。
【炼妖壶】：初遇壶中仙剧情后新增，何然专属，使用该指令选择目标后辅子彻会尝试将该目标收化，成功几率与辅子彻的等级以及目标剩余生命有关，部分敌人无法收化。注意：本作收化成功不会得到经验与物品！

轩辕剑贰的异常状态分为以下几种：

【中毒】：每行走一定步数会扣除一定生命，战斗中无影响。
（解除方法：邪中药经，解药符，解病万灵丹，地脉血泉，鸡蛋，茶叶，濒死）

【蛊毒】：战斗中每回合扣除随机血量，战斗结束前不会自动解除。
（解除方法：解药符，解病万灵丹，地脉血泉，濒死）

【睡眠】：无法行动，战斗结束前不会自动解除。
（解除方法：回神术，提神散，地脉血泉，濒死）

【麻痹】：无法行动，一定回合后自动解除。
（解除方法：回神术，地脉血泉，濒死）

【雾缚】：无法行动，一定回合后自动解除。
（解除方法：地脉血泉，濒死）

【封魔】：无法使用奇术，一定回合后自动解除。
（解除方法：地脉血泉，反八卦印，濒死）

【濒死】：生命为零，无法行动，战斗结束后濒死角色应获经验平分给其他角色，我方全员濒死则游戏结束。
（解除方法：唤魂咒，还魄丹，仙魄香）