Главный герой данной игры это-Букер ДеВитт. Букер ДеВитт-38-летний частный детектив,который до событий игры работал в специальном агентстве,но был уволен.В прошлом он был женат,но его жена погибла при родах дочки Анны.Букер выполняет задание, завершение которого позволит списать все долги — посещение Колумбии и освобождение Элизабет.

В игре существует два временных измерений,в одном измерении Букер после бойни ни решает пройти обряд крещения , очистить свою душу, встать на новый путь в жизни и принять новое имя — Захари Комсток.Во втором измерении у него появилась дочка-маленький ребенок по имени Анна,после смерти жены он заядло начинает играть в карты и из-за долгов он должен отдать свою дочь.


Будучи Комстоком, он решил создать весьма интересный мир — летающий город Колумбию.По его словам здесь будет спокойно,не будет войн,не будет расизма.В этом всём ему помогли Иеремия Финк и Розалинда Лютес.По сюжету Комсток может видеть будущее через разрывы,благодаря этому Комсток провозглашает себя Пророком, но становится бесплодным.Для продолжения задуманного ему нужен ребенок,вдруг он находит измерение в котором есть его дочка,Букер хочет забрать ребенка обратно к себе и у него это не получается,разлом начинается закрываться и в скором времени закрылся,отрезав кусочек пальчика у дочери.


Основные события всей игры происходят целых 20 лет спустя.Из-за того что часть Элизабет, а точнее половина ее мизинчика осталась в одном измерении, а сама она попала в другое, она обнаруживает в себе способности к управлению измерениями.Букера посылают в Колумбию,чтобы он похитил Элизабет.Когда Комсток узнал об этих деяниях, он начинает поиски Букера.


Далее по сюжету Букер наконец-то освобождает Элизабет и они добираются до дирижабля Комстока. Далее Комсток обвиняет Букера что это он виноват в том, что у Элизабет нет половины пальчика. Букер в ярости убивает Комстока. Далее Элизабет переносит нас в подводный город "Восторг".Когда они оказываются там, Элизабет предлагает Букеру сесть в батискаф, в котором они подплывают к одному из маяков.Она говорит что маяки — это множество вариантов реальности, и показывает Букеру, как он отдал ее 20 лет назад.Элизабет дает понять Букеру, что Комсток не должен создать свой "идеальный мир" ни в одном измерении, и Букер приходит к выводу что для этого он не должен допустить появления Захари. Букер соглашается, и Элизабет приводит его к моменту крещения и объясняет ему, что Комсток и Букер ДеВитт — один и тот же человек, пошедший разными
путями. Появляются различные версии Элизабет из разных измерений и топят его в воде.

После этого одна за другой исчезают сами. После титров можно увидеть сцену другого измерения, в которой Букер просыпается и слышит голос маленькой Анны в колыбельной.