Une jeune femme, Alice, se réveille dans une luxueuse salle de bain. Elle est étendue dans la cabine de douche, à moitié recouverte par le rideau de douche. Amnésique, elle se lève et commence à visiter la demeure dans laquelle elle se trouve. Il s'agit d'un grand manoir, particulièrement bien décoré.
Soudain, un bris de glace la fait sursauter ; un commando lourdement armé investit les lieux et la capture. Elle apprend qu'elle est l'alliée de ces personnes et qu'ils ont ensemble une importante mission à accomplir : découvrir ce qui s'est passé dans le laboratoire se trouvant sous le manoir, la ruche ("hive" en anglais), et arriver jusqu'au centre de celle-ci. Ils tenteront d'atteindre la Reine rouge, l'ordinateur central qui contrôle toute la structure. C'est là aussi qu'Alice aura réponse à ses questions : pourquoi souffre-t-elle d'une amnésie partielle ? Que s'est-il passé dans ce manoir ? Que s'est-il passé dans ce laboratoire ? Qui sont ces monstres qui errent dans les couloirs du hive et qui se sont réveillés après la désactivation de la Reine Rouge ?
C'est à travers les souvenirs épars d'Alice qu'il faudra tenter de comprendre ce qui se passe dans ce complexe, tenter de découvrir les événements qui se sont déroulés bien avant l'arrivée du commando et, avant tout, tenter de survivre.

Les zonbies

À quelques kilomètres de Raccoon City existe un manoir où des scientifiques de Umbrella Corporation travaillent. Ils y font des tests pour créer un procédé biologique permettant de créer des armes biologiques plus résistantes aux balles, plus intelligentes et plus endurantes. En clair, Umbrella veut transformer un organisme vivant en arme de combat. Les recherches se poursuivent pendant plusieurs mois, jusqu'au jour où survient un accident, le docteur James Marcus, fondateur de Umbrella Corporation, trahi par ses collaborateurs, voulut se venger de la firme. Tous les habitants du manoir sont infectés et subissent peu à peu les conséquences de cette exposition au produit inachevé en devenant des êtres dépourvus de pensées ou de logique et agissant selon leur seul et unique instinct primaire: le besoin de manger, des zombies. L'équipe Bravo des S.T.A.R.S. de Raccoon City arrive en reconnaissance par hélicoptère, mais le contact est soudainement perdu. C'est alors qu'intervient l'équipe Alpha, dont les membres font face à des chiens enragés, et le pilote les abandonne au fin fond de la forêt attenante au manoir...
Les personnages se retrouvent alors coincés dans ce manoir obscur, et déjà un membre de l'équipe a disparu. Un coup de feu retentit dans le hall et le personnage (choisi en début de partie, et accompagné ou pas suivant le choix précédent) doit rechercher l'origine du coup de feu. Le jeu démarre alors vraiment avec l'apparition du premier zombie.
S'en suivront des combats avec différentes armes plus ou moins puissantes, comme le Beretta 9mm, le fusil à pompe, le fusil d'attaque, le lance-grenades (normales, acides ou incendiaires), le 357 magnum, et d'autres, et avec des dommages assez aléatoires sur l'ennemi : on peut très bien arracher la tête d'un zombie avec une simple balle de pistolet, alors qu'un autre résistera à l'assaut de deux balles de fusil à pompe. Mais ce détail rend le jeu encore plus réaliste. Enfin, la gestion des munitions est une ressource des plus essentielles dans le jeu. Il vaut mieux ne pas les gaspiller.